Marek Kondrat pochodzi z aktorskiej rodziny. Jest synem aktora Tadeusza Kondrata i bratankiem Józefa Kondrata, również aktora. Ukończył PWST w Warszawie. Choć kojarzony głównie z filmem, był aktorem teatrów: Śląskiego im. Wyspiańskiego (1972-73) oraz warszawskich: Dramatycznego (1973-84; 1987-88), Nowego (1985-86), Ateneum (1992-99).
"Ja misterium teatru dosyć lubię, przede wszystkim premiery, pierwsze spotkania z publicznością. Chociaż tak naprawdę więcej dokonań miałem w filmie" - przyznał Kondrat w jednym z wywiadów.
Debiutował w kinie, kiedy miał niespełna 11 lat, w filmie dla dzieci "Historia żółtej ciżemki" (1961) Sylwestra Chęcińskiego. Sukces wśród publiczności i krytyki odniósł rolą w adaptacji powieści Henryka Worcella "Zaklęte rewiry" (1975) w reżyserii Janusza Majewskiego. Kondrat zagrał Romana Boryczkę, który dostaje posadę w luksusowym hotelu "Pacyfik" i pnie się po kolejnych szczeblach kariery.
W "Smudze cienia" (1976) Andrzeja Wajdy aktor wcielił się w postać samego autora autobiograficznej opowieści - Josepha Conrada, który po raz pierwszy otrzymuje dowództwo na statku i musi się zmierzyć z przeciwnościami losu, wykazać się odpowiedzialnością oraz dojrzałością charakteru. Aktor zagrał także w "Człowieku z żelaza" (1981) i w "Dantonie" (1982) Wajdy. Pojawiał się w mniejszych rolach - "Dreszczach" (1981) Wojciecha Marczewskiego, "Bez końca" (1984) Krzysztofa Kieślowskiego czy "Kobiecie w kapeluszu" (1984) Stanisława Różewicza.
W satyrycznej komedii Janusza Majewskiego "C.K. Dezerterzy" (1985) wcielił się w spryciarza Kanię, który planuje z przyjaciółmi ucieczkę z wojska pod koniec I wojny światowej. Dziesięć lat później aktor wystąpił w roli tytułowej w kolejnej komedii wojskowej - tym razem dotyczącej końca II wojny światowej - "Pułkowniku Kwiatkowskim" (1995). Zagrał dyrektora Klonisza w "Kilerze" (1997) Juliusza Machulskiego i jego sequelu "Kiler-ów 2-óch" (1998), a potem powrócił do roli Kani w "Złocie dezerterów" (1998). Dużą popularność przyniosła Kondratowi rola Olgierda Halskiego w telewizyjnym serialu "Ekstradycja".
W 1983 r. aktor wcielił się w rolę Adasia w filmie Marka Koterskiego - "Dom wariatów". Wielkim sukcesem był udział w kolejnym filmie Koterskiego "Dzień świra". Za rolę sfrustrowanego intelektualisty Adasia Miauczyńskiego Kondrat otrzymał w 2002 roku Złotego Lwa w Gdyni. W 2006 roku ponownie wcielił się w rolę Miauczyńskiego w obrazie "Wszyscy jesteśmy Chrystusami".
"Ten bohater wżarł się we mnie, strasznie się z nim mocowałem" - przyznał Kondrat w jednym z wywiadów.
Jak informują ostatnio media - w najnowszym filmie Marka Koterskiego "Baby są jakieś inne" - Kondrat jednak nie zagra. Aktor jest jednak współproducentem filmu. "Na razie mogę powiedzieć tyle: dwóch mężczyzn jedzie samochodem i rozmawia o tajemnicy różnic między mężczyzną a kobietą" - powiedział PAP pytany o fabułę filmu Kondrat.
W 2007 roku aktor zapowiedział, że rzuca aktorstwo, choć zastrzegł, że może kiedyś od tej decyzji odstąpi. Ostatnio Januszowi Majewskiemu dał się namówić na udział w dramacie historycznym "Mała matura 1947" (2010).
Aktor jest amatorem win, prowadzi kilka sklepów z winami. "Pasja do wina nauczyła mnie cieszyć się codziennością, trudem zwykłego dnia, pozbawiła tego, czego tak bardzo nie lubię - naskórkowego zgiełku. Założyłem firmę, jeżdżę z synem po świecie, wybieram wina, zaprzyjaźniłem się z ludźmi, których na szczęście nie interesuje, w co lub kogo wierzę ani skąd pochodzę. Jednym słowem mam nowych wartościowych przyjaciół" - opowiada aktor w wywiadach.
