PISF zarzucał producentom "Pokłosia" m.in. to, że samowolnie zwiększyli "budżet filmu z 5,7 mln do blisko 9,1 mln zł, przy jednoczesnym zmniejszeniu dni zdjęciowych z 42 do 28" oraz to, że instytut nie znał umów z koproducentami. Polski Instytut Sztuki Filmowej nie wypłacił 10 proc. z przyznanej dotacji (czyli 350 tysięcy złotych), a na dodatek zażądał zwrotu pozostałej kwoty (z przyznanych 3,5 milionów złotych). To był drugi taki przypadek w historii polskiej kinematografii i jedyny w roku 2013.

Twórcy głośnego filmu pozwali PISF. Sąd Okręgowy w Warszawie przyznał im rację i nakazał wypłatę ostatniej raty dofinansowania filmu. – Spór z Polskim Instytutem Sztuki Filmowej był dla nas przykry i niepotrzebny, czego dowodzi wyrok sądu. Ale mimo to cieszymy się, że w polskiej kulturze istnieją instytucje, które filmy tak trudne jak "Pokłosie" wspierają – komentuje sprawę prezes Apple Film Production, Dariusz Jabłoński.